Shughuli za kila siku za Kituo cha Ujamaa husimamiwa na Kamati ya Uendeshaji, yenye watumishi wa Kituo cha Ujamaa na wawakilishi wa kitivo cha Dini, Falsafa na Theologia. Watumishi wote wa Kituo cha Ujamaa pia ni wafanyakazi wa kitivo cha Dini na Theologia. Hali kadhalika, Kituo cha Ujamaa kina Bodi ya Ushauri ambayo hutoa muongozo na mwelekeo wa shirika.
Muundo wa uongozi wa Kituo cha Ujamaa una Mkurugenzi, Makamu wa Mkurugenzi, na Mkurugenzi wa Fedha. Nafasi hizi zote za uongozi zimejazwa, kuanzia Waratibu wa Idara za Kituo cha Ujamaa
Kwa sasa, Kituo cha Ujamaa kina idara zifuatazo:
• ‘Theologia ya Mwili’ – Utawala, Wanaume, Jinsi na VVU
• ‘Theologia ya Mkate’ – Haki ya Uchumi na kazi
• ‘Theologia ya Mazingira’ – Mtazamo wa Kiafrika kuhusu mazingira
• ‘Theologia ya Watu’ – Harakati za Kijamii na Mabadiliko
• ‘Theologia ya Umma’ – Dini na Utawala
Theologia hizi zinatokana na mazingira ya maisha halisia katika nyakati mbalimbali za historia ya maisha ya jamii ya Afrika Kusini na barani Afrika kwa ujumla.
Mfumo wa Uongozi na Idara za Kituo cha Ujamaa vimeonyeshwa hapa chini: